Uno de los roles principales de nuestro cerebro es protegernos de peligros y situaciones nuevas, y prepararnos para responder a ellos. El cerebro guarda la información de cosas que nos han pasado de una forma ordenada, de manera que si queremos acordarnos de lo que hemos hecho o vivido (por ejemplo, qué comimos hoy, a donde fuimos el sábado pasado o las sensaciones de un día feliz que tuvimos) el cerebro nos permite acceder a ese recuerdo.

Sin embargo, cuando experimentamos una situación difícil, traumática, algo que nos supera o algo novedoso, a veces al cerebro le cuesta procesar y guardar ese evento, situación, emociones, etc. EMDR puede ayudar al cerebro a ordenar memorias o aspectos de lo que pasó para reducir el impacto emocional que nos causa. EMDR no esta siempre indicado cuando tenemos emociones fuertes relacionadas con memorias, y hay otras maneras de ayudar al cerebro también (por ejemplo, la terapia CBT). Para ayudarnos a decidir si EMDR es la terapia adecuada, primero hay que hacer una evaluación que incluye información sobre nuestras experiencias y cómo reacciona nuestro cerebro en situaciones emocionalmente difíciles. A veces también podemos necesitar utilizar otras técnicas y trabajar en otras áreas antes de poder utilizar EMDR para procesar memorias.